1、船舶与海洋工程:哈尔滨工程大学船舶工程学院,前身是海军工程系造船科。曾经设计了我国第一艘深潜救生艇、我国第一套潜艇载荷称重系统、我国第一个军用智能水下机器人等。因此,船舶与海洋工程学科是传统优势学科。也是哈尔滨工程大学唯一入选“双一流”的学科。并在学科评估中获评A+级,全国排名第一。这一学科涵盖的王牌专业有船舶与海洋工程、海洋机器人2个本科专业。
2、控制科学与工程:控制科学与工程在第四轮学科评估中评为A-级,是哈尔滨工程大学实力排名第二的学科。控制科学与工程对应的是本科阶段的自动化类专业。学校开设的自动化、机器人工程2个专业,都是不错的专业。“自动化”专业是国家级一流本科专业,“机器人工程”专业是新工科专业。